食品科学与工程专业创办于2002年，2003年开始招收本科生。经过十余年的建设，办学条件日益完善，专业围绕长白山食用资源、葡萄酒产业开展教学与科研，实践教学场地丰富，专业教师学历层次高，教学、科研水平实力雄厚，人才培养质量不断提升。2008年被评为校级一般建设学科；2014年被评为校级重点建设学科。2015年，食品科学与工程专业入选吉林省卓越工程师教育培养计划试点专业，被评为吉林省人才培养模式创新实验区。2017年开始与韩国岭南大学联合开展食品科学与工程专业中外合作办学项目。2021年食品科学与工程专业被评为省一流专业建设点，2023年入选吉林省卓越工程师教育培养计划试点专业（2.0）。